גופנו נלחם מדי יום ואף מדי רגע בגורמים מזיקים (וירוסים, חיידקים וכדומה), המנסים לחדור לרקמות ולאיברים השונים ולעשות בהם שימוש. המלחמה מבוצעת על ידי מערכת החיסון באמצעות תאים ונוגדנים שונים וכל עוד פעילותה תקינה הלחימה מבוצעת כהלכה. ואולם, במקרים מסוימים המערכת החיסונית אינה מצליחה להבדיל בין גורמים זרים לבין רקמות הגוף עצמו, ולמעשה "מזהה" את התאים שלנו כמחוללי סכנה שיש להילחם בהם. כפועל יוצא מכך נגרמים נזקים לאותם תאים ורקמות עד כדי פגיעות קשות באיברים ובמערכות בעלי חיוניות רבה.
יש שורה ארוכה של עשרות מחלות אוטואימוניות הפוגעות באזורים שונים בגוף, ולפי הספרות המקצועית 1 מכל 20 אנשים לוקה במחלה אוטואימונית זו או אחרת. כך לדוגמא, צליאק היא מחלה בה המערכת החיסונית נלחמת בתאים המרכיבים את המעי הגס ומכאן נגרמים כאבי בטן ובעיות עיכול מהותית, ואילו בפסוריאזיס יש החלפה מוגברת של תאי עור עקב המלחמה שמנהלת כנגדם מערכת החיסון שמזהה אותם כגורמים מזיקים. מעבר לכך, מחלות אוטואימוניות יכולות לפגוע בין היתר בתאי העצב, בעיניים, בדם, במערכת העיכול, בבלוטת התריס, בכיס המרה, בכבד, בלבלב, במוח ועוד.
אחת המחלות האוטואימוניות המובהקות היא טרשת נפוצה הפוגעת במערכת העצבים המרכזית. במחלה זו תוקפים תאי הדם הלבנים מסוג T חלקים שונים של מערכת העצבים ובכך פוגעים בעיקר בחומר הקרוי מיאלין שמשחק תפקיד חשוב בהעברת מסרים בין תאי העצב. כך מתחיל מעין מעגל קסמים המערב גם את מחסום הדם מוח, חלבונים מזיקים ונוגדנים נוספים של מערכת החיסון, ומוביל בסופו של דבר לפגיעה חמורה מאוד במיאלין. כתוצאה מכך סובלים החולים מפגיעות מוחיות שונות המשליכות על כלל הגוף, כגון על הראייה ועמוד השדרה, דבר המבטא למשל בניוון שרירים וקשיים הליכה ומוטוריקה.
למרבה הצער, לרפואה של ימינו עדיין אין ידע מדויק לגבי הגורמים שמאחורי מחלות אוטואימוניות, אלא רק השערות הזקוקות לבדיקות נוספות. על כן, נכון להיום אין טיפול שיכול להביא להחלמה ממחלה אוטואימונית והיא למעשה כרונית ומלווה את הסובל ממנה לכל אורך חייו. יחד עם זאת, הרופאים מסוגלים לסייע בשיפור איכות החיים של החולים על ידי הקלה על התסמינים, וגם על ידי החלשת ואיזון המערכת החיסונית באמצעות סטרואידים, טיפולים ביולוגיים, נוגדנים שונים, קבלת עירויים, ועוד.