לכל אחד ואחת מאיתנו יש שתי כליות בחלק התחתון של הבטן, ויש להן תפקיד חשוב ביותר במערכת השתן וכן תפקידים חיוניים בשמירה על נפח הדם ועוד. למעשה, התפקיד המרכזי של הכליות הוא לסנן את הדם מחומרים שאינם דרושים לגוף ומחומרים זרים. אחד המרכיבים החשובים של הכליה נקרא נפרון, מבנה מיקרוסקופי שנמצא בכמות של כשניים וחצי מיליון בשתי הכליות יחדיו. למרות גודלו הזעיר יש לו מבנה מורכב הכולל מעין צינוריות שאוספות את הפלסמה העוברת דרך הכליה ומבצעות את תהליך הסינון מהחומרים הזרים.
יש לציין כי הדם מגיע אל הכליה דרך עורק הכליה ועושה זאת בקצב של יותר מליטר לדקה ובסופו של דבר נוצרים כמאה ושמונים ליטרים של שתן ראשוני ביום. לא מדובר בכל השתן היוצא מהגוף אלא בשתן ראשוני, ממנו נספגים שוב חומרים חיוניים לגוף כמו סוכרים, וכל הפעולה הזאת נתמכת במעין משאבות זעירות המעבירות אל הדם בחזרה את החומרים חיוניים. לכן, בסופו של דבר אנו מייצרים כשני ליטרים בלבד של שתן בכל יום, כולל מים, שתנן ומלחים שונים.
אם כן, התפקיד המרכזי של הכליות, באמצעות הנפרונים ומרכיבים נוספים, הוא להעביר את הפלסמה תהליכי סינון ראשוניים ומתקדמים יותר, להוציא ממנה חומרים זרים ולא חיוניים, ולהחזיר חומרים חיוניים שיצאו בסינון הראשוני. בתוך כך, הן גם משחקות תפקיד מרכזי ביצירת חומרים הקשורים לייצור תאי דם אדומים, באיזון החומציות של הדם והנפח התקין שלו, בתהליך ההומאוסטזה ועוד.
הכליה היא מצד אחד איבר חזק ופעיל מאוד, אך מצד שני גם איבר רגיש, מורכב ומרכזי המושפע מתפקוד הגוף בכללותו, ולכן גם ישנן לא מעט מחלות כליה. אחת הדוגמאות למחלות כליה נפוצות הן כמובן אבנים בכליות, הידועות גם בשמן המקצועי – מחלת אבנים בכליות ובדרכי השתן. מדובר במצב בו המלחים השונים, שכאמור מסונן מהדם וצריכים לצאת עם השתן, נותרים בכמויות גדולות מדי בתוך הכליות ומתגבשים לכדי יצירת אבנים בגדלים שונים. יש לציין כי הטבע דאג מבעוד מועד להילחם בתופעה הזו, שכן קיימים בדם חומרים המונעים את ההתגבשות, אולם לעיתים איזון זה שבין חומרים מתגבשים ומונעי התגבשות מופר, וכך מתקבלות אבנים בכליות. מאידך, ראוי להסביר כי הסיבות המדויקות להיווצרות אבנים בכליות אצל האחד ולא אצל האחר, עדיין אינן מובנות לחלוטין.
כאמור, אבנים בכליות הן תופעה נפוצה ולמעשה לאנשים רבים יש אותן גם מבלי לדעת. זאת מפני שכל עוד האבנים נמצאות בכליה הן עשויות שלא לכאוב בכלל. ואולם, כאשר הן יוצאות אל השתן דרך השופכן יש כאבים חריפים ביותר, המלווים גם בהקאות ובחילות. הטיפול במצב זה הינו מגוון ויכול להתחיל מתרופות, לעבור אל התערבויות בלתי פולשניות כמו ריסוק אבנים תוך גופי, ועד להתערבויות הכוללות הכנסת סיב אופטי וטיפולי לריסוק האבנים.
עוד קבוצה של מחלות כליה הן אלו שאנשים נולדים איתן, או תסמונות שונות שהמקור שלהן הוא בעיקר גנטי. כך למשל, מחלת הכליה הפוליציסטית היא מצב בו נוצרות ציסטות בכליות ומובילות עם הזמן לבעיה בתפקוד שלהן עד כדי כשל מוחלט. לעיתים מחלה זו מופיעה אצל ילדים ואפילו אצל עוברים, והיא מתבטאת בין היתר בכאבים ובהתפתחות איטית יותר. כמו כן, בבדיקות דם ושתן מוצאים ספירה נמוכה של כדוריות דם אדומות (כאמור הכליות מייצרות חומרים התורמים לייצור כדוריות דם אדומות במוח העצם), וכן מוצאים חלבון בשתן (החלבון אינו אמור להימצא בשתן מפני שהמבנה שלו גדול מדי על מנת לעבור בנפרונים).
הופעה של דם או של חלבון בשתן יכולה להצביע על מספר מחלות כליה נוספות, למשל דלקת בכליות, מחלה אוטואימונית הפוגעת בהן ומחלה טרשתית. במצבים אלו הכליה עוברות לאט-לאט תהליך הדרגתי של הריסה, כאשר הראשונים להיפגע הם כלי דם זעירים הנמצאים בתוכן.