על פניו, הקשר שבין השואה לבין התפתחות הפרעות נפשיות הינו מובן למדי. כאשר אנשים נמצאים במצב כה קשה של חוסר ודאות הישרדותי מכל בחינה, ושל טראומות תכופות, הנפש מגיבה באופנים קיצוניים המגיעים לכדי הפרעה. בנוסף, לאורך השנים נכתבו מחקרים רבים אודות הפרעות נפשיות אצל ילדים לניצולי שואה. הוסבר כי ההורים שעברו את השואה ופיתחו עקב כך נטיות נפשיות מסוימות, הנוטות לחוסר אמון ולתפיסה בסיסית של חרדה הישרדותית, העבירו נטיות מסוימות אל ילדיהם בחיי המשפחה המשותפים. מכאן שעולה הסיכון לפיתוח הפרעות נפשיות אצל הילדים. יחד עם זאת, במחקרים רבים לא נמצא כי ילדים להורים ניצולי שואה מצויים בסיכון גדול יותר משאר האוכלוסייה לפיתוח הפרעות נפשיות, והדבר נכון גם לגבי הסכיזופרניה. מה שכן, במחקר שנערך לאחרונה נמצא כי חולי סכיזופרניה, שהינם ילדים להורים שהיו תינוקות בזמן השואה, נוטים לפתח סימפטומים יותר חמורים של המחלה. תיאורית האפיגנטיקה מסבירה את הממצאים האלו.
כאמור, אפיגנטיקה היא תחום מחקר חדש יחסית ומשתייכת מעיקרה אל תחום הביולוגיה, חקר הגנים ופעילות התאים בגופנו. על קצה המזלג, לאורך השנים התרגלנו לחשוב כי מה שקובע את "גורלנו הביולוגי וההתנהגותי" הם הגנים, בצירוף השפעות סביבתיות. בין שני תחומים אלו רובצת לכאורה תהום שכן ההשפעות הסביבתיות אינן יכולות להשפיע על הגנים, אלא בתהליכים ממושכים של אלפי שנים עקב הברירה הטבעית. לפי המחקר האפיגנטי, הדברים פועלים קצת אחרת, ובעצם הרבה אחרת.
לפי תורה זו, הגנים שלנו שנושאים את כל המידע הדרוש, אינם עומדים בפני עצמם. הם מוקפים בשכבה של חלבונים שמכסה אותם כמו שרוול. אין זה שרוול סתמי אלא שרוול חכם מאוד שיש לו יכולת להיענות לאותות מהסביבה, ומכאן לאפשר לגנים שנמצאים תחתיו להתבטא או שלא להתבטא. כך למשל, אם יש לנו גן שאחראי על גדילה מואצת והתנאים הסביבתיים נוחים, הרי שהשרוול יאפשר לגן להתבטא ואנו נצמח ונגדל. לעומת זאת, בתנאים של מחסור ורעב השרוול יכסה יותר על הגן הזה והוא פחות יפעל – וכך למרות הפוטנציאל הטמון בגן אנו נהיה פחות גבוהים.
מחקרים באפיגנטיקה מצאו כי ההשפעה הזו על התהליכים שמניעים את הגנים, אינה מסתיימת באדם הפרטי ובהחלט יכולה לעבור לילדיו. אם נחזור לדוגמא הקודמת, ייתכן שילדה שגדלה בסביבה של רעב ומחסור תעביר את הנטייה לכסות על גן הגדילה המהירה גם לילד שלה. למעשה, ההשפעות האלו יכולות להגיע גם לשלושה דורות אחרי האדם הראשון שנשא אותן, וייתכן שאפילו יותר. מחקרים בתחום מצאו שבדרך אפיגנטית ניתן להעביר למשל נטייה להשמנה, להפרעות אכילה, לחרדה, לקושי לקבל החלטות, ועוד.
כפי שהגנים מורכבים מאוד כך גם המנגנון האפיגנטי שלהם, ועדיין איננו מסוגלים להצביע על גן מסוים או קבוצת גנים שאחראית להפרעה נפשית זו או אחרת. יחד עם זאת, ניתן לשער שבתנאים הקשים והקיצוניים ששררו בשואה התרחשו בפרטים שינויים אפיגנטיים משמעותיים, שעברו גם לילדיהם. יש לציין כי בתורת האפיגנטיקה ניתנת חשיבות גדולה לתקופה הקריטית של העובר ברחם אימו, וכן לתקופת הינקות, שכן בהן הגוף הגדל מושפע באופן מהותי יותר מסביבתו. מכאן ניתן להבין את תוצאות המחקר הנוכחי, לפיהן הפרעות קשות יותר של סכיזופרניה מופיעות אצל ילדים להורים שהיו תינוקות בזמן השואה. זאת בניגוד למי שהוריהם היו בשואה, אך לא בתקופת הינקות.