כאשר מדברים על השפעות הקפה מתכוונים למעשה אל החומר קפאין. לחומר זה יש השפעה מעניינת מאוד על תאי הגוף בכלל ועל תאי העצבים בפרט, על ידי כך שהוא נכנס אל מקומות שאליהם אמורה להיכנס מולקולה אחרת. מטרתה של המולקולה הזאת היא להקטין מעט את הפעילות שלנו, להביא אותנו למנוחה, רגיעה ושינה. הקפאין פשוט נכנס אל המקום שלה ולא מאפשר לה להשפיע על תא העצב או התא הרגיל, ולכן אנו נעשים יותר ערניים. מבחינה פיזיולוגית, הערנות מתבטאת בכמות גדולה יותר של דם המוזרם אל שירי הגוף, עלייה בלחץ הדם והגברה של מהירות פעימות הלב. מלבד זאת, לקפאין יש עוד מספר השפעות שאינן כה חזקות, כמו למשל יצירת יותר שתן בכליות, או המרצת פעילותה של מערכת העיכול.
קודם כל, חשוב להבין שלאורך השנים נערכו מחקרים רבים אודות הקפאין והשפעותיו, וחלק גדול מהממצאים עדיין נתונים במחלוקת. מעבר לכך, קיימים הבדלים אינדיבידואליים משמעותיים ביותר מבחינת רמת העמידות בפני השפעת הקפאין, כך שיש למשל אנשים שאינם מסוגלים לעצום עין לאחר שתיית קפה בערב, ויש מי שיכול לשתות כוס שלמה וללכת לישון. דברים אלו נכונים גם לגבי השפעות אחרות של הקפאין, אם כי ישנה הסכמה שעם הזמן הגוף מפתח אליו סבילות, כך שנוצר צורך להעלות בכמויות, וגם ישנו אפקט ממכר עקב שחרור של יותר דופאמין במוח.
מעבר לכך, הסכנה המרכזית של קפה כרוכה לרוב בצריכה מוגזמת לאורך שעות היום, אשר יכולה להביא לתסמינים כמו חרדה ועצבנות, קושי להירדם ודופק מהיר, ויש אנשים שמדווחים גם על כאבי ראש ושלשולים. כמו כן, ידוע שהקפאין מפריע לגוף לספוג ברזל ולכן ההמלצה היא לא לשתות יותר משלוש כוסות ביום לנשים בהריון. על כל פנים, גם ההשפעות החיוביות וגם השליליות של הקפה נעלמות מעצמן כעבור מספר שעות לכל היותר, עקב התפרקות הקפאין בגוף. כמובן, כמו עם כל מוצר צריכה, עדיף שלא להגזים איתו. בכל מקרה, כיום מוסכם שמי ששותה שתיים עד שלוש כוסות ביום אינו מגביר את הסיכון לתחלואה כלשהי.
כפי שאמרנו, המחקרים הרבים שנערכו בתחום הובילו לדעות לכאן ולכאן. כך למשל, ישנם מחקרים המצביעים על כך ששתיית קפה טובה למניעה של מחלת הפרקינסון ושל מחלות דמנטיות כמו אלצהיימר. עוד נמצאו קשרים בין צריכת קפה והקטנת הסיכון לבעיות לב ולשבץ מוחי, כמו גם מספר סוגים של מחלת הסרטן, מחלות של הכבד, הפחתת משקל ועוד. מצד שני, יש חוקרים הסבורים שהממצאים עדיין לא מספיק חזקים על מנת להמליץ לציבור הרחב על שתיית קפה, מה עוד שישנם מחקרים שמוצאים קשרים לבעיות כמו פגיעה בזיכרון או הגדלת הסיכון לפיתוח מחלת הנטינגטון.
אפשר להביא כדומא את הקשר שבין הקפה למערכת העיכול. כמעט כל אדם ששותה קפה ורגיש לתנועות המעיים שלו, יודע כי לאחר שתיית קפה מתחילה להתרחש פעילות ערה יחסית. אכן, כפי שהקפה מעורר את כל התאים כך ייתכן שקורה גם עם מערכת העיכול, כאשר המעיים מתכווצים יותר ומובילים אל הצורך ללכת לשירותים. הבעיה היא, שישנם מחקרים שהראו שאין כל הבדל מבחינת ההשפעה על המעיים בין שתיית קפה ובין שתייה של מים חמים, ויש מחקרים המראים כי המרצת המעיים מתחילה עוד לפני שהקפאין מתחיל להשפיע על הגוף.