בעת האחרונה עולה נושא ברית המילה לכותרות ומעורר מחלוקות בעיקר באירופה, שם הודיעה מועצת האיחוד כי המנהג החשוב מהווה פגיעה בזכויות האדם הבסיסיות. להודעה זו מצטרפים נתונים המורים על ירידה בקיום המנהג בכל רחבי תבל. על כן, זוהי הזדמנות מצוינת להיזכר ביתרונות הבריאותיים של ברית המילה, כפי שנמצאו שוב ושוב במחקרי רפואה שונים.
לפני שנסקור את יתרונותיה הרפואיים של ברית המילה, ראוי להתייחס להשערות הנוגעות לפגיעות בריאות הקשורות בה. ראשית, מהפן הגופני גרידא הסרת העורלה אכן מהווה פגיעה בשלמות הגוף, אך בכך אין לומר שמדובר בנזק בריאותי. שנית, ברית המילה מהווה הליך כירורגי ובתור שכזאת היא אינה נטולת סיכונים, אשר המרכזיים שבהם הינם הידבקות בזיהומים או היווצרות דימומים. יחד עם זאת, המוהלים בישראל עוברים הכשרות מטעם משרד הבריאות והרבנות הראשית, לומדים פרקים רלוונטיים באנטומיה של האזור ובפעולות הנדרשות, ואף מלווים לתקופת מה מוהלים בכירים וצופים בעבודתם. כל זאת על מנת להבטיח רמה גבוהה של בעלי מקצוע, ולמזער למינימום את הסיכוי לנזקים רפואיים. מעבר לכך, בימינו לא מעט רופאים מתחומי התמחות שונים מבצעים את הטקס, הקרוי ברית מילה רפואית. במהלכו נעשה שימוש באמצעים מתקדמים יותר, כגון תופסנים מיוחדים וחומרי אלחוש, נשמרת רמה גבוהה במיוחד של היגיינה, וניתן ייעוץ מקיף ואף מרשם להורים בעת הצורך. לבסוף, חשוב להזים את השמועות הבלתי מבוססות, לפיהן ברית המילה פוגמת בהנאה מחיי המין כמבוגר. זוהי סברה שלא נתמכה עד כה באף מחקר מדעי.
מחקרים הנוגעים לפגיעות שמקורן בברית המילה מצאו כי סיבוכים הדורשים התערבות מתרחשים במקרה 1 מתוך 100 עד 300. מצבים אלו כמעט תמיד ניתנים לפתרון, וללא השלכות חמורות. כאשר משווים את הסיכון הנמוך למגוון ההגנות שמספקת ברית המילה, ברור כי מדובר בנוהג בעל יתרונות רפואיים מובהקים:
לאור האמור לעיל, ברור כי הויכוח הנוכחי במדינות שונות אודות קיום ברית המילה, אינו נעוץ בסיכונים בריאותיים הקשורים בה. נהפוך הוא – הספרות המקצועית עומדת לטובת המצדדים בטקס העתיק. למעשה, מרכזי בריאות מובילים בעולם כבר קבעו כי לברית המילה יש סגולות חיסוניות מוכחות, ולמרות שאין המלצה לחייב בה את האוכלוסייה ברור שיתרונותיה עולים בהרבה על חסרונותיה.