כאמור, ניתוח קיסרי משמעו שבמקום יציאה וגינאלית רגילה של התינוק, מבצעים ניתוח שבו חותכים את הבטן ואת הרחם ומוציאים את התינוק דרך הפתח. יש סיבות רבות שבגללן מבוצע הניתוח הקיסרי. ראשית, בשנים האחרונות בחרו נשים לא מעטות לעבור ניתוח קיסרי אלקטיבי, כלומר מתוכנן מראש, מפני שמסיבות שונות העדיפו לוותר על הלידה הטבעית והרגילה – גם ללא הצדקה רפואית אמיתית לכך. יחד עם זאת, חשוב להדגיש כי לאחרונה מגמה זו הולכת ומצטמצמת עקב שינוי התפיסה במערך הבריאות בישראל ובעולם, ולכן ניתוחים כאלו פחות מאושרים לביצוע.
מעבר לכך, יש סיבות נוספות לניתוח מתוכנן מראש ושיש להן הצדקה רפואית. כך למשל, אם מדובר באישה אשר בעבר כבר היו לה לפחות שתי לידות שהסתיימו בניתוח קיסרי, הרי שישנו סיכוי גבוה יחסית להישנות התופעה גם בלידה הבאה. על כן, ממליצים ליולדת על ניתוח קיסרי מתוכנן מראש. כמו כן, אם באחת הלידות בעבר היו חתכים שונים ברחם, או אם העובר במשקל גבוה מאוד באופן יחסי, או אם יש ריבוי עוברים עם מורכבות מסוימת, תינתן המלצה לניתוח קיסרי, או אם יש מום מובנה ברחם. במילים אחרות, כאשר ישנו סיכוי גבוה יחסית לסיכונים וסיבוכים בלידה רגילה, בין אם הדבר מסכן את האם או את העובר, תינתן המלצה זו שאינה מחייבת לרוב את היולדת.
מלבד זאת, קיימות סיבות לניתוח קיסרי שהינן בגדר חירום, כלומר לידה רגילה שאיננה מתקדמת כיאות. לדוגמא, אם הנתונים המגיעים מהמוניטור מראים שישנה מצוקה של העובר, או אם בוצעו ניסיונות ללידה באמצעות מכשירים. דוגמא נוספת של מצב חירום היא ליציאה החוצה של חבל הטבור לפני העובר, דבר העלול לפגוע באספקה של הדם לעובר ולסכן אותו. במקרים אלו מועברת היולדת בדחיפות לחדר הניתוחים ומנותחת על ידי הצוות במשמרת.
אחת הבעיות עם ניתוחים קיסריים היא שלאחר הולדת התינוק האם עודה מתאוששת מההליך ומההרדמה, ואילו הקשר עם העובר שלה נחסם למשך שעות. מצב זה מפריע לנשים רבות שרואות חשיבות גדולה למגע קרוב ואינטימי עם העובר כבר ברגעיו הראשונים, לרבות ההנקה. הפתרון לכך שמיושם כבר בכמה בתי חולים בישראל נקרא ניתוח קיסרי טבעי, שם המרמז על כך שהשאיפה היא לאחד במהירות האפשרית את האם עם תינוקה, כבר בזמן שהחתך בבטן וברחם נתפר אחרי שהוצא התינוק. לשם כך נעזרים גם בחומרי הרדמה שונים מניתוח קיסרי רגיל, המאפשרים לאם להיות פחות מטושטשת ולתפקד עם התינוק. כמו כן, בניתוח זה מלווה את האם מיילדת ואף מכינים מראש את חלב האם, בו מאכילים את התינוק עד להתאוששות שלה. מעבר לכך, קיים דגש רב על הבאת התינוק כמה שיותר לחזקת האם בכל זמן שהיא מתאוששת. יחד עם זאת, יש לציין כי ניתוח קיסרי טבעי אינו מוצע במרבית בתי החולים בארץ, ובכל מקרה אינו אפשרי בניתוח קיסרי חירום, שכן הדבר מחייב היערכות מורכבת וייחודית מצד הצוות של הרופאים, האחיות והמיילדות.
חשוב להבין כי ניתוח קיסרי הינו פרוצדורה כירורגית פולשנית, ועקב כך נדרש אשפוז ממושך יחסית של כארבעה או חמישה ימים בבית החולים, וזאת במידה שלא קיימים סיבוכים. ראשית, אחרי הניתוח עוברת היולדת לכשעתיים של התאוששת בחדר ייעודי, ובמחלקת היולדות ידאגו לכך שלמרות החולשה היא תסתובב ותנוע עדי למנוע מצב של פקקת ורידים. יש לציין כי בשעות הראשונות שאחרי הניתוח יש להישאר בצום ומותר רק לשתות נוזלים פשוטים, וגם כשמותר כבר לאכול מדובר במזון רך כמו מעדן חלב, דייסה ומרק. בזמן זה יש נשים שחשות כאבים באזור המנותח, יובש בפה ובחילות, כאשר האחיות במחלקת היולדות יכולות לתת תרופות המסייעות בכל. יש לציין כי הכאבים עשויים להמשיך מעבר לשעות הראשונות ואפילו להתפרש על פני כמה ימים, וניתן כמובן להקל עליהם עם משככי כאבים.
במהלך האשפוז במחלקה היולדת רשאית כמובן להתחיל ולהניק את התינוק, ובעיקרון ההמלצה היא בהחלט על ההנקה הטבעית עקב יתרונותיה המוכחים מדעית. מאידך, נשים שאינן מעוניינות בהנקה טבעית מסיבה זו או אחרת אינן מחויבות לכך, במחלקה בהחלט יכולים להאכיל את התינוקות עם תחליפים.