כאמור, ב- MRI משתמשים על מנת לבחון איברים מסוימים בגוף, למשל אצל מי שנמצאת בסיכון גבוה לסרטן השד, בעת פגיעות בכליות או בכבד, לבחינת מצבם של עוברים, לאבחון של בעיות במוח, בכלי הדם ובעמוד השדרה. בניגוד לצילומי רנטגן שבהם משתמשים בקרינה אלקטרומגנטית, ב – MRI נעשה שימוש בתהודה מגנטית ומהתוצאות המתקבלות אפשר לראות בבירור את האיברים שנסרקו, ואף לקבל פריסה של השכבות שלהם.
באופן כללי, MRI היא בדיקה בטוחה מאוד וכמעט שלא ידועים מקרים של פגיעות בגינה. למעשה, הפגיעות היותר חמורות התרחשו עקב משיכה של חפצים מתכתיים אל השדה המגנטי העצום שיוצרת המכונה, למשל מפתחות שהוחזקו בכיס המטופל, או ציוד שהיה בחדר ולא עוגן כראוי. מלבד זאת, אין ראיות לכך שהשדה המגנטי – חשמלי שנוצר בבדיקה יוצר פגיעה כלשהי בתאי הגוף, ומכאן שאין גם הנחיות לנקיטת זהירות מיוחדת בעניין זה. מאידך, ידוע כי השדה שבו מצוי הנבדק אכן עובר דרך גופו ולכן יכולים להיווצר לעיתים חימום של רקמות, הרגשה של "עקיצה" קטנה, או עוויתות זעירות של השרירים. אמנם אין בכך כל סכנה אך ישנן תוספות למכשירים וכן הנחיות לנבדק שנועדו למנוע מצבים אלו.
גדוליניום הוא חומר שלעיתים מזריקים אותו בתמיסה (הכוללת חומרים נוספים) לפני בדיקת MRI, כדי לקבל תוצאות מדויקות יותר בדימות של המוח. מדובר בחומר סימון או ניגוד שעד כה לא היה ידוע כגורם מסכן או אלרגני, הגם שבמקרים של כשל כלייתי הומלץ שלא להזריקו לנבדקים. יחד עם זאת, בשנים האחרונות התרבו ראיות לכך שהגדוליניום עלול להצטבר במוח אחרי מספר בדיקות חוזרות. אמנם לא ברור אם ישנה השפעה בריאותית כלשהי לעניין, ואף לא תועדו בגינו תופעות לוואי משמעותיות, אך עד שיתבררו הדברים יצאו מספר רשויות עולמיות בהנחיות חדשות. ההנחיות שאליהן הצטרף כעת גם משרד הבריאות בארץ קובעות שיש להשתמש בגדוליניום רק אם זוהי האפשרות היחידה לקבל תוצאות טובות בבדיקה, ובכל מקרה להקפיד על שימוש במינונים מינימאליים.